按照新版GMP標準，無菌袋的生產環境需在C級及以上潔凈等級的車間內進行。而車間的潔凈度需要根據車間內塵埃粒子和沉降菌的數量而被定級。A級為最高，級別越高，袋子的塵埃粒子和沉降菌的數量就越少。
無菌袋的生產過程主要分為吹膜、切割、熱封制袋、真空包裝、滅菌。
吹膜：首先開啟車間內的空氣凈化系統，并對車間、操作人員進行消毒滅菌，使操作環境達到設定標準，將經過凈化的聚乙烯顆粒在一定溫度下進行吹膜；
切割：吹膜后得到的管狀膜根據客戶要求的尺寸切割成不同大小的膜筒；熱封制袋：采用熱封機對膜筒進行封口；
真空包裝：封口后的無菌袋按照一定數量進行多層真空包裝；
滅菌：將包裝好的無菌袋伽馬射線進行滅菌，以達到產品的無菌要求。
無菌袋的本質是一種塑料袋，雖然人們傳統的觀念認為袋子的生產工藝十分簡單，技術含量較低。但是若要達到國家藥監局標準中的各項質量指標和GMP的無菌要求，它的生產過程就變得復雜，需要每個生產細節都考慮到潔凈度和無菌的技術要求。
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